海底から採取されたコア試料は、変質や腐敗を防ぐために冷蔵保管する必要があります。大型冷蔵庫内は摂氏プラス2〜4度に保たれるよう制御され、年間を通じて安定した・瘟ｷ環境と一定の湿度を保っています。加えて、微生物試料や有機化学分析に用いる試料などを凍結保管します。冷凍庫内は摂氏マイナス２０度前後に保たれています。
膨大な数の試料を効率よく運用するため、当施設専用のデジタル入出庫管理システムを導入し、試料すべてに管理用IDとバーコードが付与されています。